فعالیت‌ها در قالب کمیته‌های دائمی و کارگروه‌های موقت یا دوره‌ای سازماندهی می‌شوند.

منطق ساختار اجرایی انجمن متناسب با مأموریت‌های ملی آن و با الهام از چارچوب فعالیت‌های انجمن بین‌المللی ژئوتکنیک و با تأکید بر چابکی، کیفیت عملکرد و پرهیز از ساختارهای موازی تصمیم‌گیری طراحی شده است. 

معماری سازمانی انجمن در ۴ لایه مدیریتی از مجمع عمومی تا کمیته‌ها شکل گرفته و در لایه اجرایی به سه حوزه تخصصی، اجرایی و صنفی‌ـ‌حقوقی تفکیک می‌شود.